色谱柱压力升高，该如何处理？
请参考色谱柱清洗方法中的“针对强疏水性吸附物的清洗方法”进行清洗。根据样品特性选择易于溶解样品的溶剂作为清洗溶剂会更能达到清洗效果。此时需留意控制流速与注意溶剂间的互溶性。另外如果是柱头筛板堵塞或预计柱头处存在明显污染的话，则反冲会更有效果。
当经常出现柱压异常时，推荐优化样品前处理工艺或加保护柱等措施抑制压力升高。
峰形不佳，该如何处理？
- 选用流动相条件不适合
当样品为离子性物质时，如样品的等电点pKa与流动相的pH接近，可能会引起峰形不佳。因此，选用流动相的pH时请远离pKa。 - 溶剂效应影响
当样品溶解溶剂与流动相不同时，可能会引起峰形不佳。此时，可改用初始流动相稀释样品或降低进样体积改善峰形。 - 进样量过载
当进样量过载时，也会引起峰形不佳。可通过降低进样量改善峰形。 - 平衡不足
前面使用了不同pH条件。与本次流动相pH差异较大或流动相中盐浓度偏低等状况，可能需要较长时间实现柱平衡。 - 柱污染或劣化
当为柱污染导致峰形不佳时，建议提高流动相的洗脱强度进行柱清洗。 当柱劣化时，因柱性能不可恢复，故建议更换成新色谱柱。 - 设备问题
使用半微量色谱柱等，采用较低流速时，因从进样器到柱入口处管线及检测器内流通池等柱外扩散，会造成的峰形拖尾。此类状况，推荐选用适于半微量色谱柱的设备。
出现鬼峰，该怎么办？
- 进样器污染
不进实际样品只进流动相查看是否有鬼峰出现。如有鬼峰，清洗进样器。 - 梯度分析
随流动相洗脱能力的升高，将柱内未知物质洗出，常称为鬼峰。此鬼峰可能来源于前面分析中的强疏水性物质残留，可通过提高流动相中洗脱力高的溶剂占比去除。如无法去除，则可能来源于流动相中杂质。此时，建议提高使用溶剂的纯度级别或考虑使用鬼峰捕集柱消除。
色谱柱流干，该怎么办？
首先，使用比常规分析低的压力（≤1/2）下，用溶剂（裸硅胶以外：甲醇；硅胶柱：正己烷）冲洗以去除空气。为确认排除空气的状况，可按出厂报告检测条件确认柱性能恢复状况。
无法获取再现性，该怎么做？
- 色谱条件不适合
- 当进行离子性化合物分析时，如果不调控流动相的pH或使用流动相的盐（酸）浓度偏低时，可能存在难以实现再现性的状况。此时，推荐提高盐浓度。
- 当使用流动相的pH在样品pKa附近时，调配流动相的pH存在些许误差时也可能会导致保留时间的明显变化，因此建议选用流动相pH时错开样品的pKa。
- 设备差异
当使用设备不同时，可能出现谱图无再现性的状况。泵、检测器、进样器等厂家差异导致设备间延迟体积差异从而导致无法获取峰形再现性。另，因柱温箱厂家差异，即使是设定的相同温度也可能会存在实际柱温差异从而影响保留时间等。基于上述情况，倾向于选用相同设备进行连续分析。 - 色谱柱使用履历
即使是同款色谱柱，也可能会因使用履历的差异导致谱图无再现性。例如：使用了含离子对试剂的流动相条件，或柱内存在强疏水性物质吸附使填料表面状态发生了改变，导致无再现性。 - 100%水相
使用常规ODS进行100%水相条件下分离时，可能会发生保留时间逐渐缩短的现象，从而谱图无再现性。基于此，各色谱柱厂家开发出了一系列可耐受100%水相的色谱柱。YMC可耐受100%水相的色谱柱有「Triart C18」、「Hydrosphere C18」、「ODS-AQ」。 - 流动相纯度级别差异
因流动相使用溶剂纯度级别不同，有可能会出现谱图无再现性。低纯度的溶剂中的杂质可能会起到盐的作用，从而影响到谱图结果。使用溶剂推荐选用HPLC级别。
虽然添加了离子对，但保留时间并未增加，这是为什么？
有可能是离子对试剂浓度过高导致的。一般情况下，随离子对浓度升高保留能力增大，但当离子对试剂浓度增大到一定程度后，可能会因形成胶束状态，导致保留能力变低。分析规模下虽然离子对试剂的浓度一般为5mM~20mM，但浓度越高越会加速填料劣化，因此如分析结果允许，请尽量选用偏低浓度。