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TAMRA phosphoramidite, 5-isomer

This phosphoramidite is used for synthesis of oligonucleotides 5’-labeled with TAMRA.

TAMRA (carboxytetramethylrhodamine) is a xanthene dye from the rhodamine family with emission in the orange spectrum range (maximum at 563 nm). This fluorophore is traditionally used as a FRET-acceptor (and a quencher) in a pair with fluorescein (FAM) due to significant overlapping of their spectra. Thus, this phosphoramidite is convenient for the synthesis of dual-labeled probes TaqMan, which contain 5’-terminal TAMRA and FAM in the middle of the sequence or at the 3’-end (using Fluorescein dT Phosphoramidite and FAM CPG, respectively).

TAMRA 5’-labeled oligonucleotides are commonly used for quantitative PCR and fragment analysis (for example, for microsatellite marker analysis) because the equipment available has a detection channel for TAMRA frequently.

The TAMRA dye is not stable in the presence of ammonium and sterically non-hindered primary amines, so it is strongly recommended to follow specified conditions for labeled oligonucleotide deprotection.

该亚磷酰胺用于合成 5′ 标记的 TAMRA 寡核苷酸。

TAMRA（羧基四甲基罗丹明）是罗丹明家族的一种呫吨染料，在橙色光谱范围内发射（最大波长为 563 nm）。这种荧光团传统上用作 FRET 受体（和猝灭剂），与荧光素 (FAM) 成对使用，因为它们的光谱有显着重叠。因此，这种亚磷酰胺便于合成双标记探针 TaqMan，该探针在序列中间或 3′ 端含有 5′-末端 TAMRA 和 FAM（分别使用荧光素 dT 亚磷酰胺和 FAM CPG）。

TAMRA 5′ 标记的寡核苷酸通常用于定量 PCR 和片段分析（例如，用于微卫星标记分析），因为可用的设备经常具有 TAMRA 检测通道。

TAMRA 染料在存在铵和空间位阻伯胺时不稳定，因此强烈建议遵循特定条件进行标记的寡核苷酸脱保护。

Usage

Coupling: 7.5 min.

Deprotection: tret-buthylamine : methanol : water 1 : 1 : 3 (v/v/v) («TAMRA cocktail») for 6 hours at 60 °C, then cool down to room temperature.

Due to complete and irreversible degradation of the TAMRA dye, do NOT use aqueous ammonium and AMA for deprotecting a modified oligonucleotide from the solid-phase support.

耦合：7.5 分钟。

脱保护：三丁胺：甲醇：水 1 : 1 : 3 (v/v/v)（《TAMRA 鸡尾酒》）在 60°C 下 6 小时，然后冷却至室温。

由于 TAMRA 染料会完全且不可逆地降解，因此请勿使用铵水溶液和 AMA 将修饰的寡核苷酸从固相载体上脱去保护。