• Products
• DNA
• Phosphoramidites
• Cyanine3 phosphoramidite 5′

Cyanine3 phosphoramidite 5′

Cyanine3 is a fluorophore that is widely used in molecular biology experiments such as oligonucleotide labeling followed by oligonucleotide detection. By its spectral characteristics, Cyanine3 is an analog of Cy™3 with a fluorescence maximum at 570 nm in the yellow spectrum range.

Cyanine3 phosphoramidite 5’ is used in oligonucleotide synthesis for the production of 5’-cyanine3-labeled oligonucleotides. The reagent is compatible with various oligonucleotide synthesizers.

This phosphoramidite can be used for the synthesis of fluorescence-labeled primers and hybridization probes such as TaqMan and Molecular Beacon. Such labeled probes can be detected in multiplex real-time PCR in the TAMRA channel.

Condensation: 3 min. Use 0.02 M iodine solution at the oxidation step to avoid degradation of the cyanine dye.

Deprotection: At room temperature with 30% aqueous ammonium solution. It is recommended to use nucleic bases with labile protective groups for deprotection for not more than 2 h at less than 55°C. AMA (30% aqueous ammonium solution/40% aqueous methylamine 1:1 (v/v)) can be used for 10 min at 65°C in the presence of acetyldeoxycytidine. If deoxyguanidine with a dimethylformamidine protective group is used during synthesis, deprotect with 30% aqueous ammonium solution for 2 h at 65°C. If deoxyguanidine with an isobutyryl protective group is used during synthesis, deprotect for 24-36 h at room temperature.

Cy3 是一种荧光团，广泛用于分子生物学实验，例如寡核苷酸标记和寡核苷酸检测。根据其光谱特性，Cyanine3 是 Cy™3 的类似物，在黄色光谱范围内的荧光最大值为 570 nm。

花青 3 亚磷酰胺 5′ 用于寡核苷酸合成，以生产 5′-花青 3 标记的寡核苷酸。该试剂与各种寡核苷酸合成仪兼容。

这种亚磷酰胺可用于合成荧光标记的引物和杂交探针，例如 TaqMan 和 Molecular Beacon。可以在 TAMRA 通道中的多重实时 PCR 中检测到此类标记的探针。

冷凝：3 分钟。在氧化步骤中使用 0.02 碘溶液以避免花青染料降解。

脱保护：在室温下用 30% 的铵水溶液。建议使用带有不稳定保护基团的核酸碱基在低于 55°C 的条件下脱保护不超过 2 小时。 AMA（30% 铵水溶液/40% 甲胺水溶液 1:1 (v/v)）可在乙酰脱氧胞苷存在下在 65°C 下使用 10 分钟。如果在合成过程中使用带有二甲基甲脒保护基团的脱氧胍，则在 65°C 下用 30% 铵水溶液脱保护 2 小时。如果在合成过程中使用带有异丁酰基保护基团的脱氧胍，则在室温下脱保护 24-36 小时。