JC-1在通过流式细胞术检测线粒体膜电位中广泛使用。它能够选择性的进入线粒体中，并且由于膜电位的增加（大约超过80-100 mV）其颜色会发生从绿色到橙色的可逆变化。这种特性是由于JC-1聚合物的可逆结构，在膜极化条件下，它的发射光由530nm(J-单体发射光)转移到590nm (JC-1聚合体发射光)。