NEB代理 , 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 , 适用于 Oxford Nanopore Technologies 测序平台

产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于 Oxford Nanopore Technologies 测序平台

NEBNext®ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒(Oxford Nanopore Technologies)                             

货 号
规 格
价 格(元)

#E7660L
96 次反应
9,219.00

#E7660S
24 次反应
2,299.00

      


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NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)

NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)

产品特点

简化、高效的操作流程

病毒基因组起始范围广:10 – 10000 个拷贝
使用更平衡的引物池,提高 SARS-CoV-2 基因组覆盖深度的均一性
文库插入片段约 400 bp
提供 NEBNext 样品纯化磁珠(SPRIselect®)
 

概述

目前对 SARS-CoV-2 测序的可靠性和准确性的要求日益增长,为了满足上述需求,NEB 推出 NEBNext® ARTIC 文库制备试剂盒。这些试剂盒根据 ARTIC Network(1)原始流程开发,可分别用于长片段和短片段测序。ARTIC SARS-CoV-2 测序是基于多重扩增子技术的病毒全基因组测序。
 
ARTIC SARS-CoV-2 操作流程是一种可覆盖整个病毒基因组的多重扩增子测序方法。基于此方法,NEB 开发了 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒,并优化和创新了相关试剂。
 
NEBNext ARTIC 试剂盒包含用于 SARS-CoV-2 gRNA 的 RT-PCR 引物和试剂,以及用于下游 Illumina® 和 Oxford Nanopore Technologies® 测序的文库制备相关试剂。使用 NEB 基于测序经验数据开发的方法平衡 V3 ARTIC 引物。结合优化的 RT-PCR 试剂,该试剂盒可在较宽的拷贝数范围内提高 gRNA 扩增子的均一性。
 
无论起始量多少(10 – 10,000 个病毒基因组拷贝)都可使用同一个 RT 方案,并且在靶向扩增前无需进行标准化。使用 NEB 基于测序经验数据开发的方法平衡 V3 ARTIC 引物,以提高整个病毒基因组的扩增子覆盖度均一性。
 
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒(Oxford Nanopore Technologies)适用于 Oxford Nanopore Technologies(ONT)测序平台,与 ONT 试剂盒一起使用可制备约 400 bp 插入片段的文库,该文库可在任意 ONT 仪器上进行测序,运行时间为 2–24 小时。
 
如需制备适用于 Illumina 测序平台的文库,选用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)(NEB #E7658)可制备约 150 bp 插入片段的文库;选用 NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)(NEB #E7650)可制备约 400 bp 插入片段的文库。
 
1.(Josh Quick 2020. nCoV-2019 sequencing protocol v2 (GunIt). protocols.io https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bdp7i5rn).
 

产品描述

 NEB代理 , 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 , 适用于 Oxford Nanopore Technologies 测序平台

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒(Oxford Nanopore Technologies),完全覆盖基因组所需的 Reads 数更少。基因组数据可视化图(IGV)显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA(ThermoFisher QS0639)中的 1000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 和 VR-1991)。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增:IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel(“Standard”)和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。所使用的建库试剂盒如下:NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒(Oxford Nanopore Technologies)、Oxford Nanopore Technologies Native Barcoding Expansion kits 1-12(EXP-NBD104)、13-24 (EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit(EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit(SQK-LSK109)和 SFB Expansion Kit(EXP-SFB001)。使用 R9.4.1 flow cells 在 GridION 仪器上进行测序,并使用 ARTIC Network nCoV-19 生物信息流程分析数据。

NEB代理 , 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 , 适用于 Oxford Nanopore Technologies 测序平台

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒(Oxford Nanopore Technologies)提高基因组覆盖度。如图所示,起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA(ThermoFisher QS0639)中的 1000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1991)。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增:IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel 和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。操作流程也分别使用两种:标准操作流程和 NEBNext 操作流程。所使用的建库试剂如下:NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒(Oxford Nanopore Technologies)、Oxford Nanopore Technologies Native Barcoding Expansion kits 1-12(EXP-NBD104)、13-24 (EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit(EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit(SQK-LSK109)和 SFB Expansion Kit(EXP-SFB001)。使用 R9.4.1 flow cells 在 GridION 仪器上进行测序。Reads 数被向下抽样(seqtk)至指定值,并使用 ARTIC Network nCoV-19 生物信息流程生成共有序列基因组。使用 Quast 将共有序列基因组与 SARS-CoV-2 参考序列进行比对获得基因组覆盖率。在覆盖率达到 100 倍时共有序列中仅缺失了最 5′ 和 3′ 的区域(约 120 个核苷酸)。

NEB代理 , 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 , 适用于 Oxford Nanopore Technologies 测序平台

 

SARS-CoV-2 RT-PCR 扩增性能优越。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNAThermoFisher QS0639)中的 10 – 10,000 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 VR-1991)。使用 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池对起始样本进行多重扩增子扩增。使用 Qubit™ dsDNA BR Assay KitThermoFisher Q32850)测定平均扩增子产量。

适用于 Oxford Nanopore Technologies 测序的 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 工作流程

NEB代理 , 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 , 适用于 Oxford Nanopore Technologies 测序平台