在反相HPLC中色谱柱发生劣化时，常常表现为峰形变差、保留时间缩短等。色谱柱劣化主要是指键合相的脱落、硅胶的溶解等，即填料发生化学变化引起的。因此对于此类状态的色谱柱很难通过再生恢复。

然而对于ODS色谱柱，当使用不含有机相的100%水相时（如下图所示），化合物的保留时间发生急剧减少。像这样的保留时间的缩短常常被误认为是色谱柱的劣化。实际上，这并非是色谱柱的劣化，而是使用条件不适合导致色谱柱的疏水塌陷。推测原因为填料表面的高疏水性C18烷基链与洗脱液的水相间极性差异过大，在水表面张力的作用下将烷基长链挤压蜷缩到一起，使得填料表观疏水性大大降低，导致保留时间的缩短。此时如使用含50%以上的有机溶剂作为洗脱液对色谱柱进行10~20个柱体积的通液，基本上可以恢复到使用初期时的保留时间。对于使用100%水相洗脱而引起的保留时间的缩短的情况，可尝试使用有机溶剂和水的混合溶液进行通液来实现色谱柱的再生。